وظایف و ماموریتها اداره امور بندری و امور دریایی بازرگانی کشور ایجاد و تکمیل و توسعه ساختمانها و تاسیسات و تعمیرگاههای بندری و دریایی بازرگانی و وسایل و تجهیزات مربوطه و بهره برداری از آنها. تهیه و تنظیم و اجرای مقررات بندری، دریایی، کشتیرانی و بازرگانی طبق قوانین مربوطه تنظیم امور مربوط به راهنمایی کشتیها با تصویب شواری عالی سازمان اداره امور تخلیه و بارگیری و حمل و نقل کالا در محوطه بنادر و انبارداری در بنادر کشور (بنادری که سازمان دارای اداره یا شعبه است) اداره شبکه های مخابراتی (رادیویی، تلگرافی، تلفنی، تله تایپ و غیره) در دریا و خشکی برای تماس با کشتیها و بنادر تابعه و تهیه و تأمین وسائل مربوطه با همکاری وزارت پست و تلگراف و تلفن نظارت کامل در امور کشتیرانی ساحلی و بازرگانی و کمک به توسعه آنها و تأمین ایمنی عبور و مرور و انجام هر نوع اقدامی که در پیشرفت و توسعه فعالیت کشتیرانیهای بازرگانی و ساحلی لازم است اداره و برقرار نمودن علائم و وسائل روشنایی دریایی و رودخانه ای برای تأمین ایمنی عبور و مرور کشتیها و شناورها ثبت کشتیها و شناورهای بازرگانی و تفریحی و غیره، دارای تابعیت کشور و اجرای مقررات مربوطه اعطای گواهینامه های صلاحیت فنی، دریایی و غیره به افراد مشغول در واحدهای دریایی طبق مقررات مربوطه وصول حقوق و عوارض بندری، رودخانه ای و حق تخلیه و بارگیری و باربری و انبارداری و سایر درآمدهایی که بر طبق مقررات مربوط به وسیله سازمان یا سایر سازمانهای دولتی برای سازمان وصول می شود اجرای قانون دریایی ایران و انجام وظایف مقرر در قانون راجع به اجازه تأسیس سازمان بنادر و دریانوردی و سایر قوانین مربوط تعیین نحوه استفاده و نرخ بهره برداری ار تأسیسات و تجهیزات بندری و اموال منقول و غیر منقول سازمان و اجرای آن پس از تصویب شواری عالی تحقیق و مطالعه در امور بندری و دریایی و کشتیرانی بازرگانی تهیه و تنظیم برنامه سال بعد و همچنین برنامه های دراز مدت و اجرای آنها پس از تصویب شورایعالی سازمان بررسی طرح موافقت نامه ها و قراردادهای بین المللی مربوط به امور بنادر و دریانوردی بازرگانی جهت تقدیم به مراجع مربوطه شرکت در کنفرانسها و مجامع بین المللی مربوط به بنادر و دریانوردی تعیین منطقه آزاد در صورت لزوم و تهیه مقررات و شرایط استفاده از آن با موافقت شورای عالی سازمان و تصویب مجلس شورای اسلامی در اختیارگرفتن و اداره خطوط راه آهن از سوزن ورودی تا سوزن خروجی در محوطه بندر و همچنین دارا بودن واگنها و لکو دیزلها و وسائل مربوط به آنها و وسائل ضروری دیگر جهت تأمین تخلیه و بارگیری برای حمل به انبارهای سرباز و سر پوشیده تأسیس آموزشگاه تعلیم راهنمایان و یا کارکنان دریانوردی بازرگانی و اعزام دانشجو برای تحصیل در رشته های تخصصی به خارج از کشور با توجه به احتیاجات سازمان صدور اجازه تأسیس اسکله و سایر تأسیسات و تجهیزات ضمن تصویب طرح مربوط با داشتن حق نظارت در اجرا و بهره برداری. صدرو اجازه تأسیس دفتر، خانه ملوانان، رستوران و انبار و سایر تأسیسات لازم بنابه درخواست متقاضیان صلاحیت دار. سازمان می تواند با توجه به امکانات خود در بنادر، برای تأسیسات مزبور از طریق اجاره، زمین واگذار نماید واگذاری آن قسمت از خدمات سازمان به موسسات خصوصی واجد صلاحیت که انجام آن از طرف بخش خصوصی به صرفه و صلاح می باشد اهتمام در پایین آوردن نرخ کرایه حمل کالا به بنادر ایران با تجهیزات بنادر و تسریع در امر تخلیه و بارگیری و از بین بردن مدت انتظار نوبت کشتیها به منظور کمک به اقتصاد کشور